Az Adó- és Könyvszakértői Intézet alapvető feladata a bíróság, ügyészség, nyomozó hatóságok, közigazgatási szervek, választott bíróságok, illetve jogszabályban meghatározott más hatóság kirendelése vagy megkeresése alapján igazságügyi szakértői vélemények készítése. Az intézet megbízás alapján is felkérhető szakvéleményadásra, amennyiben az a közfeladatok elvégzését nem akadályozza és a rendelkezésre álló kapacitások erre lehetőséget adnak.
Az Arcképfelismerő Elemző Osztály fő tevékenységét a hatósági megkeresések alapján végzett arcképelemzési tevékenység képezi.
A Daktiloszkópiai Szakértői Intézet a kriminalisztika tudományának egyik legrégibb alkalmazási területével, az ujj- és tenyérnyomatok vizsgálatával foglalkozik.
A Fizikai és Kémiai Szakértői Intézet vegyész-, fizikus-, geológus és biológus szakértői vizsgálnak minden olyan nem emberi eredetű bűnjeltárgyat, anyagmaradványt és -felkenődést, amelyek bizonyíthatják a bűncselekmények megtörténtét. Eredet szempontjából kivételt képeznek az emberi eredetű hajszálak, szőrszálak, amelyek mikroszkópos morfológiai vizsgálata szintén az Intézet feladatát képezi. Ezen túlmenően a fizikus szakértők elméleti kérdések (pl. esemény rekonstrukció: emberi test kizuhanása, eszközhasználat módja) megoldásában is részt vesznek. A rovartani szakértő a holttesteket kolonizáló rovarok vizsgálata alapján a halál beálltának idejére vonatkozóan tud információt nyújtani. Az Intézetben történik továbbá a gépjármű izzók balesetkori üzemállapotára irányuló szakértői vizsgálat, valamint halálos szén-monoxid mérgezések gyanúja esetén a vér relatív szén-monoxid-hemoglobin tartalmának vegyészszakértői vizsgálata.
A Genetikai Szakértői Intézet egyik fő tevékenységét a hatósági kirendelések és megkeresések alapján végzett igazságügyi szakértői tevékenység képezi.
A Kábítószervizsgáló Szakértői Intézet szakmai tevékenysége két központi laboratórium és öt regionális kábítószer vizsgáló laboratórium működésével valósul meg. Kormányzati döntés alapján 2007-től az addig megyei rendőr-főkapitányságok szervezetében működő 5 regionális kábítószer vizsgáló laboratórium (Győr, Veszprém, Pécs, Szeged és Debrecen) az osztály alárendeltségébe került.
A Kriminalisztikai Szakértői Intézet végzi a kriminalisztika klasszikus szakterületeiként számon tartott fegyver-, nyom-, írás- és okmányszakértői tevékenységeket. A szakértők munkáját többek között speciális optikai mikroszkópok, lövedék torkolati sebességmérő készülék, illetve okmányvizsgáló berendezések, valamint kriminalisztikai fényképészek segítik. A fegyverszakértők rendelkezésére áll továbbá egy több ezer darabból álló fegyvergyűjtemény is.
Az intézet alapfeladata olyan ügyben történő hatósági kirendelés teljesítése, melyben jogszabály lehetővé vagy kötelezővé teszi a bizonyítási eljárás hivatalból történő lefolytatását, illetve külön jogszabályban meghatározott kirendelések teljesítése (pl.: polgári-, szabálysértési-, államigazgatási ügyek), illetve – szabad kapacitásának függvényében – megbízás alapján igazságügyi szakértői tevékenység végzése, igazságügyi szakértői vélemények készítése a hatályos és az igazságügyi szakértőkre vonatkozó törvények, rendeletek, utasítások, módszertani levelek alapján.
Az Orvosszakértői Intézetet (akkori nevén Budapesti Orvosszakértői Intézetet) az igazságügyi miniszter 1964-ben alapította.
Az intézet szakértői a szakvéleményeket az igazságügyi szakértőkről szóló 2016. évi XXIX. törvény alapján a hatóság kirendelése vagy megbízása alapján, a tudomány és a műszaki fejlődés eredményeinek felhasználásával készíti, a függetlenség és pártatlanság követelményének megtartásával.
A Poligráfos Osztály nyomozó szervek, ügyészségek kirendelése alapján végez poligráfos hazugságvizsgálatokat bűnügyekben ill. bizonyos közigazgatási eljárásokban.
Az intézetet – Európában elsőként – 1872-ben alapították igazságügyi toxikológiai vizsgálatok végzésére. Feladata azóta is változatlan, nevezetesen élőkből és holtakból származó biológiai minták analitikai-kémiai vizsgálata kábítószerek, pszichoaktív vegyületek, gyógyszerek és különböző mérgek kvalitatív és kvantitatív meghatározása. Állati eredetű-, és gombamérgek, nehézfém tartalmú-, vagy rádioaktív vegyületek, ill. endogén anyagok (enzimek, hormonok) vizsgálata nem tartozik az intézet feladatkörébe. Minden esetben egy ún. „screen” (szűrő) vizsgálat után kapott eredmény megerősítése, vagy elvetése következik nagy érzékenységű, specifikus vizsgálattal. Erre a célra rendelkezésre áll 15 laboratórium és egyéb kiszolgáló egységek. A vizsgálatok végzése zömmel automatikus mintaadagolóval ellátott, nagy értékű műszerekkel (GC-FID és GC-NPD, HPLC-DAD, GC-MS, HPLC-MS, UHPLC-MSMS, GC-MSMS automata SPE minta előkészítő) történik.
A 2012-ben felújított, korszerű műszerekkel felszerelt Véralkohol Szakértői Laboratórium évente mintegy 20 ezer vér- és vizeletminta alkoholtartalmának meghatározását végzi. A rendőrségi vagy bírósági eljárás során szükség van az alkoholfogyasztás, illetve az alkoholos befolyásoltság mértékének megállapítására. A bűnjeleket vérvételi egységdobozba csomagolva az Állami Futárszolgálat futára vagy a Posta kézbesíti, illetve a kirendelő hatóság képviselője, a munkáltató vagy magánszemély személyesen adja át. A vérvételi egységdobozban található minták egyedi azonosítót (vonalkódot) kapnak, ez biztosítja a mérési folyamat és az ügykezelés során az anonimitást. A mintákat a vizsgálatra két technikus, egymástól függetlenül készíti elő, félautomata mintaadagolók segítségével.